Nama Indonesia dikatakan terbit daripada perpaduan perkataan dalam bahasa Yunani iaitu "Indonesos" yang bermaksud "Kepulauan India". Nama ini dijejaki berasal dari abad ke-19 masihi melampaui pembentukan negara tersebut sebagai sebuah entiti yang merdeka.
Pada tahun 1850, George Windsor Earl, seorang ahli etnologi Inggeris mencadangkan istilah Indunesians dan Malayunesians yang lebih digemari olehnya bagi merujuk penduduk di "Kepulauan India atau Kepulauan Melayu". Dalam sesetengah penerbitan, salah satu daripada pelajarnya, James Richardson Logan, menggunakan istilah Indonesia sebagai sinonim kepada Indian Archipelago atau Kepulauan Indian. Penulisan akademik Belanda dalam penerbitan Hindia Timur enggan menggunakan istilah Indonesia. Mereka lebih menggemari istilah Maleische Archipel atau Kepulauan Melayu atau Nederlandsch Oost Indië atau Hindia Timur Belanda yang popular juga dikenali sebagai Indië yang bermaksud India, de Oost atau Timur dan Insulinde atau Ulu India.
Selepas tahun 1900, Indonesia mula menjadi lebih popular dalam kelompok akademik di luar Belanda dan kumpulan nasionalis orang asal di Indonesia menerima pakai istilah ini bagi tujuan ungkapan politik mereka. Adolf Bastian dari University of Berlin mempopularkan nama Indonesia ini menerusi bukunya berjudul "Indonesien oder die Inseln des Malayischen Archipels," 1884-1894. Cendekiawan orang asal yang terawal sekali menggunakan nama Indonesia itu adalah Ki Hajar Dewantara apabila beliau membangunkan pejabat penerbitannya, Indonesisch Pers-bureau di Belanda.
